Один из вариантов:
Можно по приезду купить билет на автобус в офисах перевозочных компаний (МЕТРО, Камиль Коч, Паммукале тур, Варан...) туда-обратно сразу, и с отогара отправиться на автобусе в Измир и обратно потом в Стамбул. Билет примерно обойдется в 100 лир туда-обратно, ехать примерно часов 10 или даже меньше. До отогара можно добраться на метро от станции "Аксарай " (наверно будете жить в отеле в исторической части города?) до станции "Отогар", там как раз к автовокзалу выйдете. Или сервисным автобусом до отогара, в офисе продаж на билете отметят , с какого места сможете воспользоваться сервисным автобусом (например из Таксима)
Мож кто сейчас подскажет по внутренним авиалиниям, я не пользовалась, не знаю, думаю по стоимости будет чуть подороже, но доберетесь с комфортом.
п.с. я сама на автобусах добираюсь куда мне нужно))

" Millet sevgisi kadar büyük mükafat yoktur " М.K.Atatürk