Моя имха, что на нулевом этапе нужно просто тупо натренировать эти тыр-дыр, чтобы правильно они звучали в речи (в смысле гармонии гласных, то есть чтобы не было доктордыр вместо доктордур), потом нужно решить для себя, что тыр-дыр в речи разговорной не употребляются и забыть о них, постепенно, когда будете много слушать, просто по интуиции поймете, где тыры-дыры нужны, а где их можно опустить )таких случаев в живой речи большинство)
Теперь по вопросам (для нулевой стадии) :
2) примеры и правда дурацкие.. В общем, акцен делается на усиление, как бы звучит конкретика момента, что ли… и еще когда ну совсем общие моменты имеются в виду типа "земля круглая" "вода мокрая", то есть оххватываются или совсем общие или совсем частные случаи
Доктордур - он является доктором, "он не продавец сувениров какой-нибудь, а доХтур, не бойся, открой рот, пусть дядя горлышко посмотрит". (частный случай)
Гелен полистир - должно быть, это пришел полицейский. Здесь вообще перевод некорректный имхо. Если бы было предположение, нужно скорее сказать "гелен полисмиш", здесь бы я перевела дословно "пришедший - полицейский", "он тут не просто так екшается, он полицейский, ща тут порядок наведет. А у вас регистрация есть, гражданин? " (частный случай)
Пырланта пахалыдыр - алмазы дорогие. " ну, слушай дорогая, брльянты-то нынче недешевы может, цирконием ограничимся, а?". Или " бриллианты в принуипе всегда дорогие. Это правило" (может рассматриваться кк частный случай или как общее правило- зависит от контекста)

3) аффикс указывает на отличия в значении, которые становятся ясными, если известен весь контекст. - смотрите частный случай вопроса 2)
мюхэндистир-он инженер ( инженер он, нуе хухры-мухры)
сыджактур - жарко (тут жарко не могу, ща помру)
сооуктур - холодно (ща околею от холода)
тюркюр - она турчанка (не испанки, итальянка или англичанка, турчанка она, вот и ходит в платке)
йешилдир - оно зеленое (фуууу, это зеленок яблоко, не ешь, а то будет диарея, не зрелое оно еще)
сарыдыр - оно желтое (желтое, оно, не белое, ты че? Не видишь? Тут же пятно желтое на платье!!)
кётюдюр - плохо (вообще с трудом могу представить себе, в какой ситуации так можно сказать, если только в газете написать)
узундур - она высокая
Строго говоря, правила нет, я бы для начала советовала все в речи употреблять без туров дуров, а когда начнете чувствовать язык, сами поймете, куда надо ставить, а куда нет. Если не поставите где-то , то это ошибкой не будет, а постоянное их употребление только смешит турок, ну, сразу видно "академический подход" к изучению языка, где туча теории и ноль реальной речи,

4) аффикс может применятся к другим личным аффиксам для обозначения предположения или уверенности по отношению к собеседнику от лица говорящего.
тоже, что и в предыдущих двух пунктах.
Хастасындыр - ты, должно быть, болен
Акыллыйымдыр - какой я умный!
Этого я вообще не понимаю. Меня учили (и практика это подтверждает, что для таких сслучаев тыр-дыр используется в прошудшем времени в виде миш-мыш.
если не секрет, по какому учебнику учите?

"Camina siempre hacia delante pues lo que te estan esperando a ti pueden marcharse " (с)