Я напишу ответ, но, если я в чем-то не права, то пусть меня исправят знатоки турецкого языка.
Все правильно про ручку. Но думаю, что ответ будет зависеть от вопроса.
Kalem kimde var? - Bende (kalem var).
(Senin) kalemin var mı? - Evet, (benim) kalemim var.

И, как было сказано выше, в основном возможны варианты употребления одной или другой конструкции для одного и того же предложения.
Если хотите вот еще примеры:
1. Otelin plaji var. У гостиницы есть пляж. - Otelde plaj var. В отеле есть пляж.
2. Sigaranız var mı? Sende sigara var mı? - У тебя есть сигарета?
3. Bugün çok işim var. У меня сегодня много работы.
4. Çocuğunuz var mı? У тебя есть дети?
5. Param yok. Bende para yok. У меня нет денег.
6. Otelin yüzme havuzu yok. Otelde yüzme havuzu yok. В гостинице нет плавательного бассейна.
7. Bodrum'da arkadaşları yok. У них нет друзей в Бодруме.

Конечно же, все зависит от ситуации и какой смысл вкладывает говорящий (что имеет в виду).